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Gérer un arrêt maladie salarié : les obligations de l'employeur

Délai de carence, IJSS, subrogation, maintien de salaire et démarches : le guide 2026 pour gérer correctement l'arrêt maladie d'un salarié côté employeur.

Gérer un arrêt maladie salarié : les obligations de l'employeur

Un salarié vous transmet un arrêt de travail : que devez-vous faire, et dans quel ordre ? Entre l'attestation de salaire, les indemnités journalières, le maintien de salaire et la subrogation, la gestion d'un arrêt maladie côté employeur suit des règles précises — et 2026 a modifié le calcul des indemnités. Le guide clair.

À réception de l'arrêt

  1. 1

    Vérifiez les délais

    Le salarié doit vous transmettre son arrêt en principe sous 48 heures. Notez la date de début et la durée.

  2. 2

    Établissez l'attestation de salaire

    Via la DSN événementielle : c'est elle qui permet à la CPAM de calculer et verser les IJSS. Démarche prioritaire.

  3. 3

    Appliquez le traitement en paie

    Absence, maintien de salaire éventuel, et gestion des IJSS selon que vous pratiquez ou non la subrogation.

La démarche déclenchante

Sans attestation de salaire de votre part, le salarié ne touche pas ses indemnités. C'est l'obligation la plus urgente à la réception d'un arrêt.

Les indemnités journalières (IJSS)

Les IJSS sont versées par l'Assurance maladie, après un délai de carence de 3 jours (sauf cas particuliers). Elles correspondent à 50 % du salaire journalier de référence — mais ce salaire est désormais plafonné.

1,4 SMIC

plafond du salaire de référence

depuis avril 2025 (contre 1,8 avant)

50 %

du salaire journalier de base

montant de l'IJSS

3 jours

délai de carence

avant indemnisation Sécurité sociale

Un changement à fort impact

L'abaissement du plafond à 1,4 SMIC réduit la couverture Sécurité sociale des salaires élevés. Le complément employeur et la prévoyance collective prennent d'autant plus d'importance.

Le maintien de salaire

Au-delà des IJSS, l'employeur doit souvent compléter le salaire. La loi de mensualisation prévoit un maintien sous condition d'ancienneté (en général 1 an), mais votre convention collective peut être plus favorable : vérifiez-la systématiquement.

Convention collective, ancienneté, délai de carence conventionnel : trois paramètres qui changent le calcul du maintien. Ne vous fiez pas à un cas général, regardez votre branche.

La subrogation, comment ça marche

Avec la subrogation, c'est l'employeur qui perçoit directement les IJSS à la place du salarié, et qui lui verse l'intégralité de son salaire maintenu. Cela simplifie la vie du salarié (un seul versement) et fluidifie la paie.

Sans subrogation

Le salarié touche les IJSS de la CPAM + le complément employeur séparément.

Avec subrogation

L'employeur encaisse les IJSS et verse un salaire unique au salarié.

Souvent obligatoire

En cas de maintien intégral du salaire, la subrogation est fréquemment imposée.

Les erreurs à éviter

  • Tarder à établir l'attestation de salaire : cela retarde ou bloque l'indemnisation du salarié.
  • Ignorer la convention collective sur le maintien de salaire et le délai de carence.
  • Mal gérer la subrogation : oublier de récupérer les IJSS ou double-payer.
  • Oublier la prévoyance : sur les longs arrêts et les hauts salaires, elle fait la différence.
La gestion des arrêts est un point sensible de la paie. Chez Y2G, nous sécurisons vos DSN, votre maintien de salaire et votre subrogation pour éviter les erreurs coûteuses.

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