Gérer un arrêt maladie salarié : les obligations de l'employeur
Délai de carence, IJSS, subrogation, maintien de salaire et démarches : le guide 2026 pour gérer correctement l'arrêt maladie d'un salarié côté employeur.

Un salarié vous transmet un arrêt de travail : que devez-vous faire, et dans quel ordre ? Entre l'attestation de salaire, les indemnités journalières, le maintien de salaire et la subrogation, la gestion d'un arrêt maladie côté employeur suit des règles précises — et 2026 a modifié le calcul des indemnités. Le guide clair.
À réception de l'arrêt
- 1
Vérifiez les délais
Le salarié doit vous transmettre son arrêt en principe sous 48 heures. Notez la date de début et la durée.
- 2
Établissez l'attestation de salaire
Via la DSN événementielle : c'est elle qui permet à la CPAM de calculer et verser les IJSS. Démarche prioritaire.
- 3
Appliquez le traitement en paie
Absence, maintien de salaire éventuel, et gestion des IJSS selon que vous pratiquez ou non la subrogation.
La démarche déclenchante
Les indemnités journalières (IJSS)
Les IJSS sont versées par l'Assurance maladie, après un délai de carence de 3 jours (sauf cas particuliers). Elles correspondent à 50 % du salaire journalier de référence — mais ce salaire est désormais plafonné.
1,4 SMIC
plafond du salaire de référence
depuis avril 2025 (contre 1,8 avant)
50 %
du salaire journalier de base
montant de l'IJSS
3 jours
délai de carence
avant indemnisation Sécurité sociale
Un changement à fort impact
Le maintien de salaire
Au-delà des IJSS, l'employeur doit souvent compléter le salaire. La loi de mensualisation prévoit un maintien sous condition d'ancienneté (en général 1 an), mais votre convention collective peut être plus favorable : vérifiez-la systématiquement.
La subrogation, comment ça marche
Avec la subrogation, c'est l'employeur qui perçoit directement les IJSS à la place du salarié, et qui lui verse l'intégralité de son salaire maintenu. Cela simplifie la vie du salarié (un seul versement) et fluidifie la paie.
Sans subrogation
Le salarié touche les IJSS de la CPAM + le complément employeur séparément.
Avec subrogation
L'employeur encaisse les IJSS et verse un salaire unique au salarié.
Souvent obligatoire
En cas de maintien intégral du salaire, la subrogation est fréquemment imposée.
Les erreurs à éviter
- Tarder à établir l'attestation de salaire : cela retarde ou bloque l'indemnisation du salarié.
- Ignorer la convention collective sur le maintien de salaire et le délai de carence.
- Mal gérer la subrogation : oublier de récupérer les IJSS ou double-payer.
- Oublier la prévoyance : sur les longs arrêts et les hauts salaires, elle fait la différence.
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